1、運行班次不同或使用時間不同的工藝房間不宜設為一個潔凈空調系統(tǒng)，否則不工作的潔凈室因和在工作的潔凈室是同一個潔凈空調系統(tǒng)而不能關閉，造成浪費，提高運行成本。若空調系統(tǒng)分開設置，可將不工作的潔凈室只運行值班風機，這樣可降低運行成本。
2、生產(chǎn)過程中散發(fā)的物質對其他工序、設備會產(chǎn)生交叉污染，對產(chǎn)品質量或操作人員的健康、安全有影響的潔凈室空調系統(tǒng)應分開設置，這種會造成交叉污染的潔凈室在電子工廠、制藥廠和各種實驗室都有。
3、溫濕度基數(shù)和精度要求差別大的潔凈室空調系統(tǒng)應分開設置。若不分開設置一般情況下都是按基數(shù)要求高的、精度要求嚴格的工藝來確定，會造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著高了，抬高了初投資和運行費用。
4、潔凈室內(nèi)工藝發(fā)熱量相差懸殊的系統(tǒng)應分開設置，因潔凈空調系統(tǒng)的送風量是根據(jù)潔凈度的級別或冷熱負荷來確定的，若發(fā)熱量差異大，那么發(fā)熱量小的潔凈室需要二次加熱才能滿足室內(nèi)的溫度要求，造成浪費，提高了運行成本。
5、潔凈空調系統(tǒng)與一般空調系統(tǒng)應分開設置，因一般空調系統(tǒng)無潔凈度要求，空氣不需要經(jīng)過三級（初、中、高）過濾，若合為一個系統(tǒng)，初投資和運行成本都會提高。
6、系統(tǒng)風量過大的潔凈空調系統(tǒng)應分開設置。
7、新風量特別大，室內(nèi)濕度要求高時，應獨立設置新風系統(tǒng)，如潔凈室濕度要求高而室內(nèi)發(fā)濕量不大，應在新風處理時就采取除濕措施。